מצע הרשימה קובע כי הקו המנחה הוא זכות העם היהודי על ארץ ישראל יחד עם העיקרון ההלכתי ש"פיקוח נפש מעל לכל", והאיזון ביניהם נקבע הלכה למעשה בידי גדולי התורה בלבד; לצד זאת הוא מצהיר על נאמנות לצורך בשלום אמיתי ועל דרישה לקידום הסדרי שלום עם השכנים. המכון הישראלי לדמוקרטיה מציין כי בנושאי חוץ וביטחון החלטות הרשימה כפופות לשיקולים תורניים ולא לשיקולים ביטחוניים-מדיניים.
מצע הרשימה מגדיר את קיומו של עם ישראל כנשען על קיום התורה והמצוות, דורש שהגדרת "יהודי" בחוק השבות תיקבע על פי ההלכה בלבד, ומבקש חינוך יהודי מבוסס אמונה לכלל ילדי ישראל. המוסד העליון של המפלגה הוא מועצת גדולי התורה, שלה היא כפופה בכל ענייניה, והמכון הישראלי לדמוקרטיה מציין שהרשימה פועלת לשמירת אופייה הדתי של המדינה.
במצע הרשימה נדרשו ביטול היתרי עבודה ומסחר בשבתות ובמועדי ישראל, הרחבת סמכויות בתי הדין הרבניים, התנגדות ל"נישואין אזרחיים" ואי-הכרה בתנועות הרפורמית והקונסרבטיבית. בהסכם הקואליציוני שנחתם עם הליכוד בדצמבר 2022 קיבלה הרשימה זכות וטו בנושאי דת ומדינה, לרבות סעיפים על כשרות, רשות גיור בפיקוח הרבנות והסמכת מנהלי בתי חולים לאסור הכנסת חמץ בפסח.
מצע הרשימה דוחה מה שהוא מתאר כניסיון של מערכת השיפוט להשתלט על חיי העם והמדינה, מתנגד לעיגון סעיפים בחוקי יסוד שעלולים לפגוע ביהדות התורנית ודורש הרחבת סמכויות בתי הדין הרבניים. ביולי 2023, בעת שהרשימה הייתה חלק מהקואליציה שקידמה את הרפורמה המשפטית, דרשו בכירים בסיעה "או חוק יסוד לימוד תורה או פסקת התגברות", כדי למנוע פסילת הסדר דחיית הגיוס בבג"ץ.
במצע שפרסמה הרשימה נדרשו הגדלת המענקים למשפחות ברוכות ילדים והרחבת שירותי הסעד והרווחה, ולצידם גם הקטנת המעורבות הממשלתית בענפי המשק והפחתת מס הכנסה ומע"מ. בפועל דגל התורה מחזיקה בדרך כלל ביו"ר ועדת הכספים, ובוועדה אושרו העברות תקציב לפי ההסכמים הקואליציוניים, למשל כחצי מיליארד ש"ח למוסדות חרדיים דרך משרד החינוך בספטמבר 2023.
למפלגה אין תוכנית ריבונות או תוכנית להסדר מדיני ביהודה ושומרון; מצע הרשימה כורך את הזכות על ארץ ישראל בעיקרון פיקוח נפש, כשההכרעה מסורה למועצת גדולי התורה. לפני הבחירות לכנסת ה-22 קבע הרב חיים קנייבסקי כי על המפלגות החרדיות להתנגד למסירת שטחים לערבים, שינוי לעומת תמיכתו של מייסד המפלגה, הרב שך, בעבר בגישת "שטחים תמורת שלום".
במצע שפרסמה הרשימה נדרש המשך ההסדר לדחיית הגיוס של תלמידי ישיבות ש"תורתם אומנתם", וכן התנגדות לגיוס בנות ולשירות לאומי לנשים. בדיוני הצעת חוק שירות ביטחון (תיקון 26) בשנים 2025–2026 הביעו רבני מועצת גדולי התורה של דגל התורה, ובראשם הרב דב לנדו, התנגדות לגיוס אברכים בפועל, וביולי 2025 הודיעה המפלגה על פרישתה מהקואליציה על רקע סוגיית הגיוס.
הרשימה לא פרסמה מצע בנושא זכויות להט"ב, והעמדה נלמדת מהסכמיה הקואליציוניים. בהסכם שנחתם בין יהדות התורה לליכוד בדצמבר 2022 נכלל סעיף לתיקון חוק איסור הפליה במוצרים ובשירותים, שיאפשר לבעל עסק פרטי לסרב לתת שירות מטעמי אמונה דתית ויעגן קיום אירועים בהפרדה מגדרית; המכון הישראלי לדמוקרטיה וארגוני זכויות אדם מתחו על הסעיף ביקורת חריפה.
ברשימת המועמדים שהגישו אגודת ישראל ודגל התורה לוועדת הבחירות המרכזית ב-2022 נכללו 120 מועמדים, ואף לא אישה אחת; המועמדים נקבעים בהחלטת מועצת גדולי התורה ולא בבחירות פנימיות. אי-הצבת נשים היא נוהג במפלגה ואינה מופיעה רשמית בתקנון. במצע הרשימה נדרשה גם התנגדות לגיוס בנות ולשירות לאומי לנשים.
דגל התורה לא פרסמה עמדה מוסדית בשאלת שותפות עם מפלגות ערביות. ב-3 ביולי 2024 הצביעה סיעת יהדות התורה, שהמפלגה נמנית עמה, נגד הוספת סעיף שוויון זכויות לכל האזרחים לחוק הלאום. ביוני 2026 טענו גורמים בעוצמה יהודית שקיימים תיאומי הצבעות בין יו"ר המפלגה לח"כ אחמד טיבי; הצדדים הכחישו.
לדגל התורה אין עמדה מוסדית מפורסמת בנושאי סביבה או אקלים, ויהדות התורה לא פרסמה מצע מאז 1999. עם זאת ח"כ יעקב אשר מדגל התורה כיהן כיו"ר ועדת הפנים והגנת הסביבה והוביל את הכנת חוק האקלים הממשלתי לקריאה שנייה ושלישית, שאושרה בוועדה בדצמבר 2024, וזה תפקיד של יושב ראש ועדה ולא עמדת מפלגה.
המפלגות החרדיות תמכו בהצעת החוק לוועדה ה"ממלכתית-לאומית" בקריאה הראשונה ב-6.7.2026. דגל התורה לא פרסמה עמדה שתומכת בוועדת חקירה ממלכתית.
דגל התורה לא פרסמה עמדה על אכיפת החוק, על המשטרה או על דרך הטיפול בפשיעה. הסיעה נמנתה עם הקואליציה שחוקקה את תיקון מס' 37 לפקודת המשטרה ב-28.12.2022, אך אין בכך עמדה על מדיניות פשיעה.